भागलपुर में गंगा नदी से मशहूर इलिश मछली लगभग गायब हो चुकी है और इसके पीछे 1975 में शुरू हुआ फरक्का बैराज मुख्य कारण है। सुल्तानगंज, कहलगांव और बटेश्वर स्थान के बीच 1960 और 1970 के दशक में मछुआरों को बड़ी संख्या में इलिश मछली मिलती थी। बैराज की वजह से नदी का तेज बहाव कम हो गया और समुद्र से मीठे पानी में प्रजनन के लिए आने वाली इलिश का रास्ता रुक गया। स्थानीय स्तर पर मछली खत्म होने के कारण अब विशेष मांग पर बंगाल से इलिश मंगाई जाती है जिसकी कीमत तीन हजार रुपये प्रति किलोग्राम तक पहुंच जाती है। इसके चलते स्थानीय लोग अब मिरका मछली को विकल्प के रूप में पसंद करने लगे हैं। बाढ़, गाद और पानी की कमी जैसी समस्याओं के कारण बिहार सरकार ने केंद्र सरकार से दिसंबर 2026 में समाप्त होने वाली भारत-बांग्लादेश गंगा जल बंटवारे की संधि का नवीनीकरण न करने का आग्रह किया है।
इलिश की संख्या बढ़ाने के लिए आईसीएआर-सेंट्रल इनलैंड फिशरीज रिसर्च इंस्टीट्यूट, भारतीय अंतर्देशीय जलमार्ग प्राधिकरण, केंद्रीय जल आयोग, नमामि गंगे और फरक्का बैराज प्राधिकरण 2016 से मिलकर काम कर रहे हैं। मानसून के महीनों में फिश लॉक चालू रखने और फीडर नहर को ऊपरी गंगा से जोड़ने वाला बाईपास चैनल बनाने का सुझाव दिया गया है। फरवरी 2021 में जीवविज्ञानी उत्पल भौमिक ने कहा था कि बैराज के गेट खोलने से पद्मा और हुगली नदियों से इलिश का गंगा में आना आसान हो सकता है।
हाल ही के प्रयासों से कुछ उम्मीद जगी है। मार्च 2023 में फरक्का बैराज के नीचे से करीब तीस हजार इलिश मछलियां लाकर ऊपर छोड़ी गईं जिन्हें बाद में उत्तर प्रदेश के मिर्जापुर में देखा गया। नमामि गंगे के सलाहकार डॉ. संदीप बेहरा ने इसे नदी के स्वास्थ्य के लिए अच्छा संकेत बताया। इसके अलावा अगस्त 2026 में तीन दशकों में पहली बार उत्तर प्रदेश के चंदौली में इलिश पाई गई। 2019 से आईसीएआर-CIFRI और नमामि गंगे ने फरक्का के ऊपर नदी में तीन लाख पचासी हजार से ज्यादा इलिश छोड़ी हैं।
इन कोशिशों के बाद भी पूरा पारिस्थितिकी तंत्र दबाव में है। मार्च 2026 के एक सर्वे में पता चला कि भागलपुर और साहिबगंज के बीच कई अच्छी मछलियां खत्म होने की कगार पर हैं और केवल चौदह अच्छी प्रजातियां बची हैं। इसके अलावा सितंबर 2026 की एक रिपोर्ट में बताया गया कि भागलपुर क्षेत्र में बढ़ता प्रदूषण मछली के भंडार को कम कर रहा है और स्थानीय मछुआरा समुदायों, खासकर महिलाओं के स्वास्थ्य पर बुरा असर डाल रहा है।